Kecamatan Pebayuran dipimpin oleh Camat yang dibantu oleh Sekretaris Camat. Struktur organisasi terdiri dari: 1) Sekretaris Camat, 2)Kasubag Umum dan Kepegawaian 3) Kasubag Perencanaan 3)Kasi Pemberdayaan Masyarakat dan Desa, 4) Kasi Pemerintahan, 4) Kasi Pelayanan Publik, 5) Kasi Ketentraman dan Ketertiban 6) Kasi Ekonomi dan Pembangunan.